Voor het beheer en bestuur van de instituten hebben de zes algemene universiteiten (de Radboud Universiteit Nijmegen, de Universiteit van Amsterdam, de Universiteit Utrecht, de Universiteit Leiden, de Rijksuniversiteit Groningen en de Vrije Universiteit Amsterdam) zich aaneengesloten en een koepel gevormd.

Bestuur

Het koepelbestuur wordt gevormd door vertegenwoordigers van de College van Besturen van deelnemende universiteiten. Het bestuur wordt ondersteund door een algemeen secretaris. Het koepelbestuur bestaat uit de volgende leden:

• Prof. dr. C.M. van Praag (voorzitter koepelbestuur)
  Voorzitter College van Bestuur, Vrije Universiteit
  
• Prof. mr. C.J.J.M. Stolker
  Rector Magnificus en voorzitter College van Bestuur, Universiteit Leiden
• Prof. dr. J. de Vries
  Voorzitter College van Bestuur, Rijksuniversiteit Groningen
• Prof. dr. D.H.J. Wigboldus
  Voorzitter College van Bestuur, Radboud Universiteit
• Prof. dr. G.T.M. ten Dam
  Voorzitter College van Bestuur, Universiteit van Amsterdam
• Prof. dr. A. Pijpers
  Voorzitter College van Bestuur, Universiteit Utrecht

Algemeen secretaris
Frans Snijders, Vrije Universiteit

Penvoerders

Het dagelijks beheer van de instituten ligt bij één van de deelnemende universiteiten die als ‘penvoerder' optreedt. De volgende universiteiten treden op als penvoerder:

• Universiteit Leiden
  Nederlands Vlaams Instituut in Caïro (NVIC)
• Universiteit Utrecht
  Nederlands Interuniversitair Kunsthistorisch Instituut in Florence (NIKI)
• Universiteit van Amsterdam
  Nederlands Instituut in Athene (NIA)
  Nederlands Instituut in Sint Petersburg (NIP)
• Rijksuniversiteit Groningen
  Koninklijk Nederlands Instituut in Rome (KNIR)